石榴ATG基因家族鉴定及其在非生物胁迫下的表达模式分析

利用生物信息学方法,从石榴(Punica granatum Linn.)品种‘突尼斯’(‘Tunisia’)基因组中鉴定自噬相关基因(ATG)家族成员,并对其蛋白质理化性质、染色体定位、基因结构、系统进化、共线关系和表达模式进行了分析。结果表明:从石榴基因组中共鉴定出58个ATG基因,定位在8条染色体上。58个石榴ATG家庭成员可分为6个亚族。58个石榴ATG基因中3对基因存在共线关系;石榴metastatic biomarkersDecitabine体内实验剂量拟南芥[Arabidopsis thaliana(Linn.) Heynh.]和葡萄(Vitis vinifera Linn.)ATG基因PF-03084014家族成员间分别存在45和41对共线关系。转录组数据挖掘显示:PgVTI12b-1、PgATG1b-1、PgATG8h-1、PgATG8c-2和PgATG8c-3 5个基因在ABA缓解干旱胁迫的响应中差异表达;NaCl胁迫下,石榴根和叶中分别有11和8个ATG基因差异表达,且PgATG6b、PgTORb和PgATG1b-2基因在根和叶中均差异表达。实时荧光定量PCR验证发现石榴ATG基因的表达模式与转录组结果基本一致。综合分析结果表明:PgVTI12b-1、PgATG1b-1、PgATG8h-1、PgATG8c-2和PgATG8c-3基因参与石榴叶对ABA缓解干旱胁迫的响应,而PgATG6b、PgTORb和PgATG1b-2基因则同时参与石榴根和叶对NaCl胁迫的响应。