目的 了解安徽省手足口病（hand, foot and mouth disease, HFMD）相关柯萨奇病毒A组16型（coxsackievirus A16, CV-A16）基因型别分布情况。方法 通过中国疾病预防INCB018424说明书控制信息系统传染病报告管理信息系统收集安徽省2016—2020年HFMD病例资料，并收集HFMD患儿咽拭子标本。对荧光定量PCR检出的CV-A16核酸阳性病例样本采用RT-PCR扩增VP1区基因片段并测序。运用肠道病毒在线分型工具确定基因型别，再利用MEGA6.0生物软件构建CV-A16 VP1区基因进化树并分析VP1区氨基酸变异位点。结果 2016—2020年安徽省累计报告HFMD实验室确诊病例16 650例，其中CV-A16确诊病例3 809例（占22.88%），各年中CV-A16确诊病例占比依次为20.72%(219/1 057)、22.91%(677/2 955)、23.89%(1 004/4 202)、42.58%(1 687/3 962)、4.96%(222/4 474)。对获取的436份CV-A16阳性标本进行测序，获得290条VP1区基因序列，均属于B基因型，其中B1agenomic medicine基因亚型65条，B1b 225条。290条VP1区基因序列核苷酸同源性为86.80%～100.00%，与CV-A16原型株G-10核苷酸同源性为74.10%～76.80%。65条B1a毒株VP1区基因序列与B1a参考株核苷酸同源性为93.00%～99.90%,225条B1b毒株VP1区基因序列与B1b参考株核苷酸同源性为88.40%～99.60%。B1a基因亚型流行株在遗传进化上分为4个分支簇，B1b基因亚型流行株在遗传进化上分为6个分支簇。与原型株G-10 VP1区编码氨基酸位点变异分析显示，290条VP1区基因selleckchem Emricasan存在多个位点变异。结论 2016—2020年安徽省HFMD CV-A16流行株B1a与B1b基因亚型二者共同流行，应持续关注安徽省肠道病毒病原监测与分子进化变异情况。