为了解新疆地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况，于2020-20LBH58921年从新疆地区规模化猪场采集到326份临床仔猪腹泻病料和肠组织，利用RT-PCR方法对PEDV进行检测，选取部分PEDV阳性样品进行S基因全序列的克隆和测序，并对其序列、遗传进化和抗原表位进行分析。结果显示，326份样品中共有152份样品为PEDV阳性，阳性率为46.6%。选取的11份阳性样品中的PEDV S基因核苷酸(氨基酸)同源性为99.0%～100%(98.2%～99.9%),与GenBank中登录的PEDV参考毒株核苷酸(氨基酸)同源性为92.6%～98.0Polygenetic models%(91.2%～97.7%),与经典株CV777核苷酸(氨基酸)同源性为93.1%～93.4%(92.3%～92.7%)。遗传进化分析显示，11份阳性样品均位于GIIa亚群，与中国疫苗株CV777处于不同的分群，说明新疆部分地区PEDV流行株与疫苗毒株CV777亲缘关系较远。序列比对结果显示，11份阳性样品中的PEDV S蛋白均存在氨基酸的插入和缺失，中和表位的COE区域变异较大，这可能会降低常规疫苗的免疫保护作用。结果表明，从分子水平明确了2获悉更多020-2021年新疆地区PEDV的流行与变异情况，为新疆地区PED的防控提供了科学依据。