骨髓增生异常综合征中环状RNA差异表达的生物信息学分析

目的 探索骨髓增生异常综合征（myelodOncology Care Modelysplastic syndrome, MDS）中环状RNA(circular RNA,circRNA)差异表达的模式和作用。方法 对GEO(Gene Expression Omnibus)数据库中的circRNA表达谱数据集GSE163386、GSE94591和GSE81173进行预处理及差异分析，利用circBank数据库与ENCORI、miRDB、miRWalk数据库分别预测与差异表达circRNA和差异表达信使RNA(messenger RNA, mRNA)相互作用的微RNA(microRNA, miRNA)，构建circRNA-miRNA-mRNA轴。于PubMed中检索得到与MDS有关的miRNA，取交集进一步得到MDS相关的竞争性内源RNA(competing endogenous RNA, ceRNA)网络。结果 通过分析得到128个差异表达circRNA,48个高表达，80个低表达。差异倍数>10的差异表达circRNA中3个表达上调，11个表达下调。通过分析得到101个差异表达mRNA,9个表达上调，92个表达下调。与PubMedEmpagliflozin浓度检索得到的MDS相关miRNA取交集进一步得购买MG132到MDS相关的ceRNA网络，即circRNA(has＿circ＿0061137)-miRNA(has-miR-16-5p)-mRNA(RUBCNL、TBC1D9、SLC16A6)和circRNA(has＿circ＿0061137)-miRNA(has-miR-125b-5p)-mRNA(CCR5、SLC16A6、IRF4)，这些网络均为下调表达。结论 该研究揭示的ceRNA网络可能有助于阐明MDS中的circRNA机制。