世界范围内,牛感染隐孢子虫、十二指肠贾第虫和毕氏肠微孢子虫后,常引起腹泻、腹痛和消瘦等症状,降低生产性能、肉品质和饲料转化率,对牛养殖业的健康发展造成了一定危害。塔额垦区是我国新疆西部边缘地区重要的农牧生产基地之一,肉牛养殖规模随经济水平提升呈现繁荣发展,有关3种肠道病原在该区肉牛中的流行情况尚缺乏系统性调查。基于此,本研究采用分子生物学方法对塔额垦区规模化场肉牛新鲜粪便样本进行检测,掌握肉牛3种肠道病原的感染情况,解析其种类/集聚体类型/基因型的分布特征。1.2022年1月至2022年6月,分别收集塔城市(n=117)、裕民县(n=126)、额敏县(n=123)、托里县(n=123)以及和丰县(n=66)5个肉牛规模化养殖场的555份肉牛新鲜粪便样本。基于隐孢子虫SSU r RNAdirect tissue blot immunoassay基因位点对555份肉牛粪便DNA样本进行PCR检测,结果显示,塔额垦区肉牛隐孢子虫感染率为27.9%(155/555)。5个采样地区的肉牛均发现隐孢子虫感染,以裕民县肉牛的感染率最高,为45.2%(60/126),额敏县感染率最低,为15.4%(19/123),不同采样地区肉牛的隐孢子虫感染率统计学差异极显著(P<0.01)。在≤3月龄、3-6月龄、7-12月龄和VX-765化学结构1岁以上肉牛的隐孢子虫感染率分别为47.1%(64/136)、33.3%(46/138)、21.4%(30/140)和10.6%(15/141),不同年龄段之间肉牛的隐孢子虫感染率统计学差异极显著(P<0.01);在夏季和冬季,肉牛的隐孢子虫感染率分别为39.4%(98/249)和18.6%(57/306),不同季节肉牛隐孢子虫感染率统计学差异极显著(P<0.01)。155份隐孢子虫PCR扩增阳性样本均测序成功,经序列比对,鉴定出4种隐孢子虫,分别为安氏隐孢子虫(97/155)、牛隐孢子虫(31/155)、芮氏隐孢子虫(22/155)和微小隐孢子虫(5/155)。研究结果提示,塔额垦区规模化场肉牛的隐孢子虫感染较普遍,感染率与季节和肉牛年龄因素具有相关性,存在人兽共患隐孢子虫种类。2.基于十二指肠贾第虫bg基因位点,对555份肉牛粪便DNA样本进行PCR检测,结果显示,塔额垦区肉牛十二指肠贾第虫感染率为3.8%(21/555)。5个采样地区中,仅在裕民县和托里县肉牛粪便中检测出十二指肠贾第虫,感染率分别为13.5%(17/126)和3.3%(4/123),不同采样地区肉牛的十二指肠贾第虫感染率统计学差异极显著(P<0.01)。≤3月龄、3-6月龄和7-12月龄肉牛的十二指肠贾第虫感染率分别为7.4%(10/136)、3.AG-221核磁6%(5/138)和4.3%(6/140),1岁以上肉牛未发现感染,不同年龄段肉牛的十二指肠贾第虫感染率统计学差异显著(P<0.05);在夏季,肉牛的十二指肠贾第虫感染率为8.4%(21/249),在冬季,肉牛未发现感染,不同季节肉牛的十二指肠贾第虫感染率统计学差异极显著(P<0.01)。21份十二指肠贾第虫PCR扩增阳性样本均测序成功,经序列比对,均为集聚体E(21/21)。研究结果提示,塔额垦区规模化场肉牛十二指肠贾第虫感染率较低,主要感染宿主特异性集聚体E。3.基于毕氏肠微孢子虫ITS序列,对555份肉牛粪便DNA样本进行PCR检测,结果显示,塔额垦区肉牛毕氏肠微孢子虫感染率为5.6%(31/555)。5个采样地区中,额敏县肉牛的毕氏肠微孢子虫感染率最高,为15.4%(19/123),和丰县未发现感染,不同采样地区肉牛的毕氏肠微孢子虫感染率统计学差异极显著(P<0.01);<3月龄、3-6月龄、7-12月龄肉牛的毕氏肠微孢子虫感染率分别为14.7%(20/136)、6.5%(9/138)、1.4%(2/140),1岁以上肉牛未发现感染,不同年龄段肉牛的毕氏肠微孢子虫感染率统计学差异极显著(P<0.01);在夏季和冬季,肉牛的毕氏肠微孢子虫感染率分别为3.6%(9/249)和7.2%(22/306),不同季节肉牛的毕氏肠微孢子虫感染率统计学差异极显著(P<0.01)。31份毕氏肠微孢子虫PCR扩增阳性样本均测序成功,经序列比对,鉴定出5种已知毕氏肠微孢子虫基因型,分别为基因型J(17/31)、I(8/31)、BEB4(4/31)、BEB6(1/31)和CM9(1/31),构建种系进化树,5种基因型均属于Group 2组。研究结果提示,塔额垦区规模化场肉牛毕氏肠微孢子虫感染率较低,主要感染宿主特异性基因型J和I。综上所述,研究发现塔额垦区肉牛3种肠道病原感染率存在差异,其种类、集聚体和基因型呈现宿主特异性遗传分布特征,具有一定的遗传多样性,研究结果为我国牛肠道病原的遗传进化分类研究提供了基础资料。