【目的】探究毕节市烟草公司选育的地方烤烟品种韭菜坪2号与对照品种云烟87在毕节地区种植的代谢差异，为后续揭示韭菜坪2号烟叶香型风格特征的分子机理奠定基础，同时为该品种的推广应用提供理论依据。【方法】以云烟87为对照材料，采用液相色谱-质谱联用技术，对毕节市赫章县3个烟叶产区(达依、可乐、铁匠)的云烟87与韭菜坪2号新鲜烟叶进行代谢组分析。【结果】在烟叶样本中共检测到1880个离子峰，主成分分析表明3个烟叶产区的韭菜坪2号与云烟87均具有显GDC-0068核磁著的代谢差异。以差异倍数大于2,t检验的P<0.05为标准进行差异代谢物筛选，各产区差异离子数量排序为达依>可乐>铁匠。同时鉴定到46个离子峰在3个产区的韭菜坪2号中积累量升高，49个离子峰在3个产区的韭菜坪2号中积累量降低。进一步在韭菜坪2号积累量升高的离子中鉴定到1种类黄酮代谢物M＿9637[木犀草素7-(6’-丙二酰糖苷)]。对2个烟叶品种进行酚酸、类黄酮的广泛靶向代谢分析发现，两种类黄酮物质(异属李素和槲皮素)在韭菜坪2号中具有积累量升高的趋势。对降烟碱与尼古丁的分析发现，两种代谢物在韭菜坪2号中均表现出积累量降低的趋势。【结论】对毕节市赫章县3个烟叶Hepatoprotective activities产区的韭菜坪2号和云烟87新鲜烟叶代谢组比较分析表明，韭菜坪2号烟叶中类黄酮代谢水平高于云烟87,烟碱类物质代谢水平低于云烟87。上述两类物质的积累差异可能是韭菜坪2号烟叶PR-171体外香型风格特征形成的基础。