为利用分子标记规模化开发与辅助花斑裸鲤(Gymnocypriseckloni)良种选育，以花斑裸鲤的鳃、肾脏和肝脏组织为材料，经总RNA提取和cDNA文库构建后采用IlluminaNovaseq2000平台进行转录组测序，VX-765 NMR并采用MISA和GATK3软件分析转录组的SSR、SNP和插入缺失标记（Indel）位点特征。结果表明：在486 221条Unigenes序列中共发现128 727个SSR，出现频率为26.47%，平均每3.76kb出现1个SSR;花斑裸鲤SSR包括六个重复类型，其中，以单碱基和二碱基重复基元类型为主，分别占总SSR位点数的46.53%和42.45%，重复基元类型共77种，其中A/T和AC/GT这两种基元的出现频率是最高的，是花斑裸鲤SSR的优势重复基元；在所有重复次数中，5～15次之间出现的次数是最多的，占所有SSR位点的87.52%；通过GATK3软件搜索得到399 080个SNP位点，转换类型多于颠换类型，分别占总SNP的56.29%和43.71%，转换类型中A/G发生频率略高于C/T，而颠换类型中A/T 发生频率最高selleck Compound C，CG发生PHHs primary human hepatocytes频率最低；分析显示，花斑裸鲤转录组的Unigenes中共筛选出254 065个InDel位点，平均每1 903 bp出现1个InDel位点，且SNP位点和InDel位点均以含1个位点的unigenes数最多。研究表明，花斑裸鲤转录组中SSR、SNP和Indel位点非常丰富，对今后花斑裸鲤种质资源鉴定、种群遗传学研究及保护管理具有重要价值。