棉花是世界上重要的经济作物，为了研究棉花线粒体基因组(mtDNA)遗传多样性，开发更多有价值的SSR分子标记，本研究选取8种棉花mtDNA全序列，利用MISA工具对其SSR序列进行分析。结果表明，8种棉花mtSSR数量为649～711个，SSR总长度在6 328～7 000 bp之间，平均长度在9.55～9.85 bp之间，发生频率为1.00～1.05 (n/kb)，相对密度为9.54Genetic exceptionalism～10.33 (bp/kb)Entinostat试剂。SSR类型最多的为单核苷酸重复，A/T为优势基序，其次为二、四核苷酸重复，而三、五Liproxstatin-1、六核苷酸重复较少，其中四核苷酸重复约为三核苷酸重复的4～5倍。不同棉种mtSSR种类的丰富度较高，但不同类型SSR数量上差异较大。8种棉花mtSSR主要分布在基因间隔区，其次为内含子区，少部分位于基因区和外显子区。在重复基序构成上，共发现46种基序是8种棉花所共有。棉花mtSSR的重复次数主要集中在3～21次，SSR基序长度为8～20 bp。同时，还检测到31种(61个)复合型SSR，均包含(A)m(TA)n或(T)m(G)n基序。本研究为进一步筛选特异性SSR位点提供基础，为棉花mtDNA重复序列的演化与变异及特异分子标记的开发等提供理论依据。