基于免疫细胞浸润评分实现膀胱癌分型及预后风险评估

目的:基于免疫细胞浸润评分实现膀胱癌患者分型并构建预后风险评估模型。方法:首先从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载膀胱癌患者的转录组数据和临床数据。然后,采用单样本基因集富集分析方法计算16种免疫细胞的浸润评分。接着,通过无监督聚类实现膀胱癌患者的分型并分析不同分型的患者对免疫治疗和化疗药物敏感性的差异。随后,通过寻找更多加权相关网络分析(WGCNA)识别与关键免疫细胞浸润显著相关的关键模块,并提取模块内的关键基因。最后,构建并验证膀胱癌预后相关的风险评分模型,并Pidnarulex配制结合患者临床特征构建列线图并进行验证。结果:计算得到正常组织与肿瘤组织的免疫细胞浸润评分,确定B细胞、肥大细胞、中性粒细胞、T辅助细胞和肿瘤浸润淋巴细胞为膀胱癌的关键免疫细胞。基于免疫细胞浸润评分将膀胱癌患者聚类为两类(Cluster 1和Custer 2)。与Cluster 1患者比较,Cluster 2患者更能从免疫治疗中获益(P<0.05),且Cluster 2患者对恩贝酸、多西他赛、环巴胺和阿卡地新更为敏感(P<0.05)。通过WGCNA筛选出35个与关键免疫细胞相关的基因,经LASSO Cox回归进一步筛选出HCC hepatocellular carcinoma四个与膀胱癌预后相关的基因GPR171、HOXB3、HOXB5和HOXB6,基于这四个基因构建的膀胱癌预后风险评分模型预测患者1、3、5年预后的曲线下面积分别为0.735、0.765和0.799。结合风险评分和临床参数构建的列线图预测膀胱癌患者1、3、5年总存活率的准确性较高。结论:根据免疫细胞浸润评分可以实现膀胱癌患者分型,基于关键免疫细胞相关基因构建的膀胱癌预后风险评分模型及列线图对于膀胱癌患者预后预测的准确性较好。