‘凤丹’根皮转录组SSR位点特征分析

‘凤丹’(Paeonia ostii)是中药材牡丹皮的道地来源之一,其籽油富含α-脂肪酸,是集药用、食用和观赏价值一体的重要作物资源。本研究基于不同套作模式下‘凤丹’根皮的转录组数据对SSR位点信息进行统计分析。结果显示,利用MISA软件在257 012条unigines序列中共搜索到38 275个SSR位点,分布在33 272条序列中,出现频率为14Veterinary medical diagnostics.89%。重复基元类型以单核苷酸和二核苷酸重复为主,分别占比为59.33%和21.35%,单核苷酸的优势重复基元(A/T)占总SSR位点的58.74%,二核苷酸的优势重复基元(AG/CT),占6.4%。SSR重复次数主要在5~11次之间,重复次数以10次最多,全部为单核苷酸,占总SSR位点的40.45%,在二、三、四、五、六核获悉更多苷酸中,随着重复次数的增加,SSR位点数随之减少。SSR序列长度分布范围为10~78 bp,平均长度为12.62 bp,基元长度为10 bp的SSR位点最多,有8 274个,占所有SSR位点的40.45%。本研究获得的SSR位点信息,分布特点和序列特征,可为‘凤丹’种质资源Barasertib生产商的筛选鉴定及分子标记辅助育种提供有效的理论依据。