兔眼蓝莓‘园蓝’幼叶转录组生物信息学分析

为探索兔眼蓝莓品种‘园蓝’遗传信息。本研究利用高通量测序技术对贵州栽培的‘园蓝’幼叶转录组进行了测序和生物信息学分析。共获得约1.4 G的纯净数据,拼装了32 093条Unigenes。GO数据库注释到的Unigenes涉及生物学过程、细胞成分及分子功能相关的48种生理代谢功能;27 137条Unigenes能被KOG数据库注释,涉及25条代谢通路;9 525条Unigenes能被KEGG数据库成功注释,涉及到5个功能大类、19个功能中类、128条代谢通路;25 418条Unigenes可被Nr数据库注释;18 309条Unigenes可被Swissprot数据库注释;以上4个数据库共注释到25 447条Unigenes,占全部Unigenes的79.20%;被以上4个数据库均注释到的Unigenes为8 846条,占全部Unigenes的27.60%。同时,生物信息学VX-661浓度分析还显示:全部UniPhylogenetic analysesgenes中,有758条Unigenes编码转录因子,涉及51个家selleck族;2 085条Unigenes编码抗性基因,涉及17个家族。共检测到4 827个SSR位点,其中2碱基重复的SSR位点达3 165个,占SSR位点总数的65.57%,三核苷酸为1 431条,占比29.63%;四核苷酸、五核苷酸、六核苷酸共231条,占比4.8%。以上研究结果对了解兔眼蓝莓‘园蓝’的生长发育、生理生化等分子机制,对进一步进行兔眼蓝莓分子方面的相关研究均具有较高的参考价值。